主張や態度などがはっきりしているたとえを表す四字熟語です。

【旗幟】は、はたと、はたじるしです。帰属を明確にするためのものです。
【幟】は、のぼりの意味もありまして、「こいのぼり」を漢字で書きますと「鯉幟」となります。

【鮮明】は、鮮やかに明らかで、よりはっきりさせることを表します。

四字熟語としての【旗幟鮮明】そのものはなかなか見つけられませんでした。

『史記』高祖本紀に【旗幟】は出ていました

秦軍と藍田（ランデン）の南に戰い，益んに疑兵の【旗幟】を張って、膨大な兵力に
みせかけ、通過する各地で、財物を掠（かす）めたり民を虜（とりこ）にすることを禁止した。

【旗幟】を「キショク」と読みたくなりますが、間違いです。