【酒に別腸有り】と訓読みされまして、人体には酒が入る別の腸があるという意味です。
酒を飲む量は、身体の大小には関係ありませんという、酒呑みからの説明です。

『通俗編』飲酒篇に記載されている四字熟語です。『通俗編』は、五千の通俗語の辞典です。
それぞれに出典を示しています。中国の清代に編纂されました辞典です。

　　閩主曦謂周維嶽曰、
　　閩主（ビンシュ）曦（ギ）、周維嶽（シュウイガク）に謂ひて曰はく、
　　　　　（唐末五代）閩王（ビンオウ）の王延羲（オウエンギ）は（短身の）周維嶽に聞きました、

　　嶽身甚小、何能飲之多、
　　嶽の身は甚（はなは）だ小なるに、何ぞ能く之を飲むこと多きやと、
　　　　　嶽の身体は、かなり小さいのに、よくまあそんなに飲めるもんだ。

　　左右曰、
　　左右曰はく、
　　　　　左右の者が言いました、

　　酒有別腸，不必長大，
　　酒に別腸有り，必ずしも長大ならずと。
　　　　　人体には酒が入る別の腸があるのです。身体の大小とは関係がありません